JAGURS/インストール

JAGURS / By

津波シミュレーションでJAGURSをインストールしてみた．

基本的にはgithub上にあるマニュアルに従って行っています．

まだわかっていないことも多いですが，メモ程度に．

必要なライブラリのインストール

  • NetCDF⇒ここで解説
  • PROJ4⇒いつか書きます
  • FFTW3⇒いつか書きます
  • OpenMPI⇒今回はインストールしてません・・・

ソースコードのダウンロード

githubから持ってくる．

cd ~/JAGURS
git clone https://github.com/jagurs-admin/jagurs.git

jagursディレクトリにあるsrcフォルダにソースコードが入っている．

Makefileの編集

使用しているコンパイラ別にMakefile（Makefile.gfortranなど）があるのでこれを自分の環境に合わせて編集する．

デフォルトではMakefileがMakefile.SC_ICEになるようにシンボリックリンクが貼ってある．

https://qiita.com/iowanman/items/53ca2ba94d3561702721

↑の記事に従って編集した．

コンパイル

マニュアルの通りに以下のコマンドで実施．

make -f Makefile

コントロールファイルの準備

inputディレクトリ内のtsun.par（これがコントロールファイルになっていて計算の設定をしている）を編集する．

今回はMPIをoffにしてあるので，procxとprocyの行をコメントアウトした．

&params
gridfile="gridfile.dat"
maxgrdfn="zmax.grd"
vmaxgrdfn="vmax.grd"
tgstafn="test_tgs.txt"
dt=0.05
tend=120      !2min. for TEST
itmap=1200
tau=60
cf=-0.025
cfl=-0.025
coriolis=0
smooth_edges=0
c2p_all=1
def_bathy=1
plotgrd=-1
velgrd=0
!procx=4      !for Parallel version
!procy=4      !for Parallel version
/

 

実行

mpirun -n 1 ../src/jagurs par=tsun.par

 

参考にしたサイト