HDF5

HDF5とは？？

HDFはHierarchical Data Formatの略であり，階層化されたデータ群を取り扱うファイル形式である．時系列データなどの扱いで必要

ここを見たらかんたんな説明が載っているので参照すべし．

HDF5のインストール方法（Ubuntu編）

zlibとszipのインストール

以下のサイトからダウンロード

zlibのインストール

tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure　--prefix=/usr
make
sudo make install

szipのインストール

tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz 
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=/usr
make && sudo make install

–prefixではインストールするディレクトリを指定できる

コンパイラの環境設定

  • Intelの場合は以下のようになる（詳しくはここをチェック）※CC=iccよりはgccのほうがオススメ
  • rootでインストールする場合は，ifortがrootのpathに入っているかをチェック→ないときはrootでログインして.bashrcを下のように編集しよう
export FORT=ifort
export FC=ifort
export F77=ifort
export F90=ifort
export CC=icc
export CPP=
export CXX=icpc

HDF5のインストール

ここからtarをダウンロード→解凍

tar -zxf hdf5-1.10.5
cd hdf5-1.10.4
./configure --prefix=/usr/local/hdf5-1.10.5 \
            --enable-fortran --enable-cxx \
            --with-szlib=/usr/local  \
            --enable-threadsafe \
            --with-pthread=/usr/include/,/usr/lib/x86_64-linux-gnu/ \
            --enable-hl --enable-shared --enable-unsupported

root権限でインストールする（より詳しい解説はここ）

make
make check
sudo make install

PATHを通す

homeディレクトリで.bashrcを開く

vim .bashrc

以下の文を追加しよう

# Path for libraries
export LD_LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf5/lib"
export LIBRARY_PATH="${LIBRARY_PATH}:/usr/local/hdf5/lib"
export PATH="${PATH}:/usr/local/hdf5/lib"

これでHDF5ライブラリを参照可能になる

 

HDF5のインストール方法（WSL2編）

WSL2上のUbuntuではうまくインストールできなかったので，このサイトを参考にインストール．

sudo apt install subversion git build-essential cmake libhdf5-dev