NetCDF4/インストール

前提条件

  • versionは4で行う(3はあんまり使われない)
  • root権限(sudo)でインストールを行う
    • .bashrcでpathを編集している場合はroot用の.bashrcも編集する必要がある

 

インストールの前にやること

 

NetCDF-Cのインストール

  • 公式サイトでソースをダウンロード
    • 今回はnetcdf-c-4.7.4.tar.gzをダウンロード
  • pathの設定を行う(.bashrcで!)
    • HDF5についてはversion管理がめんどくさいので以下のようにシンボリックリンクを貼る
cd /usr/local
ln -s hdf5-1.10.5 hdf5 # versionは適宜変更する
    • bashrc(root権限で)を編集
su
vim ~/.bashrc
    • .bashrcに以下を追加しよう
export NCDIR=/usr/local/netcdf-c-4.7.4
export CPPFLAGS="-I/usr/local/szip/include -I/usr/local/hdf5/include" 
export LDFLAGS="-L/usr/local/szip/lib -L/usr/local/hdf5/lib"
  • (やっと)configureする
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-shared --enable-dap --disable-dap-remote-tests \
            --with-curl=/usr/include/x86_64-linux-gnu/curl
  • makeでinstall(めちゃくちゃ時間が掛かる)
su # root権限で!!
make
make check
make install

 

NetCDF-Fortranのインストール

  • インストール場所の確認
    • NetCDF-Cと同じディレクトリ(/usr/local/netcdf-c-4.7.4)にインストール
    • ただし,バージョンを更新する場合はNetCDF-CもNetCDF-Fortranも違う場所にインストールが必要
  • 公式サイトでソースをダウンロード
    • 今回はnetcdf-fortran-4.5.3.tar.gzをダウンロード
  • nc-config(NetCDF-Cをインストールするとできる)のシンボリックリンクを作成する
cd /usr/local/bin
ln -s ../netcdf-c-4.7.4/bin/nc-config nc-config
nc-config --prefix
  • root権限になっておく
  • 環境変数の設定
export NCDIR=$(nc-config --prefix)
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(nc-config --libdir)
export CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include
export LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib
export NFDIR=${NCDIR}
  • configureからのmake install
./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check
make check
make install
  • nf-configのシンボリックリンクを貼る
cd /usr/local/bin
sudo ln -s ../netcdf4-c-4.7.4/bin/nf-config nf-config
  • .bashrcでpathを追加する
# NetCDF 4
export NETCDF_CONFIG="nc-config"
export NETCDF_ROOT="$(${NETCDF_CONFIG} --prefix)"
export NETCDF_F_CONFIG="nf-config"
export NETCDF_F_ROOT="$(${NETCDF_F_CONFIG} --prefix)"
export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF_ROOT}/lib":${LD_LIBRARY_PATH}
NETCDF=${NCDIR}

 

参考サイト

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